Kompetisi Sain Nasional merupakan ajang mencari siswa berprestasi dalam bidang sain yang dilaksanakan secara berjenjang mulai dari tingkat kabupaten sampai dengan nasional yang diselenggarakan oleh Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan RI. SMA Negeri 1 Manyar turut ambil bagian dalam pelaksanaan Kompetisi Sain Nasional (KSN) tingkat Kabupaten yang diselengggarakan oleh Dinas Pendidikan Provinsi Jawa Timur Cabang Gresik dengan mengirimkan siswanya untuk ikut dalam beberapa bidang mata pelajaran yang diujikan anntara lain :